Harry, Ron i Hermiona zaczynają trzeci rok nauki w Hogwarcie. W tym czasie Syriusz Black uciekł z Azkabanu – więzienia czarodziejów, strzeżonego przez dementorów, które przybywają do Szkoły Magii i Czarodziejstwa w celu zapewnienia uczniom dodatkowej ochrony. Są oni jednak nie do końca posłuszni i Harry musi nauczyć się przed nimi bronić. Dzięki zmieniaczowi czasu Hermiony przyjaciele mają uratować Blacka i Hardodzioba – hipogryfa skazanego na śmierć. Podczas rozgrywki główni bohaterowie uczą się zaklęć – każdy innego, co staje się ich specjalną umiejętnością.
W przeciwieństwie do poprzednich części mamy możliwość sterowania różnymi postaciami, ale tylko w niektórych miejscach. Do ukończenia gry nie jest potrzebne tylko zakończenie linii fabularnej. Trzeba także kupić w sklepiku Freda i George'a wszystkie hasła do tajnych pomieszczeń za portretami, ukończyć wszystkie etapy każdej minigry, oraz zebrać wszystkie tarcze podczas magicznych zadań i egzaminów. Gospodarka fasolkowa z poprzednich edycji została urozmaicona. Fasolki wszystkich smaków stały się najmniej wartym środkiem transakcji. Wymiana towarów zachodzi teraz także za pośrednictwem dyniowych pasztecików i kociołkowych piegusków. Tak jak przedtem można zbierać karty. Jest to zadanie poboczne. Po zebraniu 74 z nich, Fred i George przekazują Harry'emu specjalną kartę kolekcjonerską z jego wizerunkiem i odblokowuje się przed nim dodatkowa wizyta w pokoju nagród, nieograniczona czasem. Zbierasz tam dodatkowe pięć kart.